Junto a Riquelme en estas temporadas se incorporan nombres históricos al club: el argentino Rodolfo Arruabarrena, los españoles José Manuel Reina y Santi Cazorla o el brasileño Marcos Senna (quien luego obtendría nacionalidad española). Bajo el mando de Pellegrini y tras una gran segunda vuelta de campeonato, el Submarino Amarillo logra el tercer puesto de la liga en la temporada 2004-05, solo por detrás del F. C. Barcelona y del Real Madrid, y con Diego Forlán como Pichichi de la temporada y Juan Román Riquelme como el mejor jugador del equipo.