A la temporada 1999/00 el club volvió a ocupar la quinta plaza de la Bundesliga, quedando a tres puntos del 4ºlugar que otorgaba cupo a la Liga de campeones. El 2 de febrero de 2008 a consecuencia de una lesión de Almunia, Lehmann regresó a la portería del Arsenal en la Premiership para un juego contra el Manchester City fuera de casa, cinco meses después de su último partido en la Liga; el Arsenal ganó 3-1. Almunia se resfrió inmediatamente después de la lesión, por lo que Lehmann permaneció en la portería en los siguientes tres choques en el mes de febrero, incluyendo el partido de ida de los octavos de final de la Champions League contra el AC Milan, dónde hizo una muy importante salvada contra Maldini, que significaría el 0-0, en los primeros minutos del primer tiempo.
