En junio de 2003 el filial del equipo, el Málaga B, hoy denominado Atlético Malagueño, asciende a Segunda División, camiseta dortmund 2022 y el equipo de categoría juvenil se proclama campeón de España. Después de dos temporadas en la división de plata, el 15 de junio de 2008, en la última jornada, el equipo logró el ascenso a Primera tras ganar por dos goles a uno al Club Deportivo Tenerife, ambos tantos malaguistas anotados por el centrocampista Antonio Hidalgo.
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