Al finalizar la fase de grupos quedó en segunda posición del grupo, solo por detrás del equipo Turco Fenerbahçe, por lo que se clasificó para los dieciseisavos de final en los que se enfrentó a SS Lazio empatando en el partido de ida en el Borussia Park y cayendo en Roma. La temporada 2013-14 terminó con el equipo en sexta posición en la Bundesliga por logrando un cupo para disputar la Liga de Europa.
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