A partir de 1993 sería el comienzo de una etapa difícil, ya que durante cinco años consecutivos (de 1993 a 1997), Boca terminaría como subcampeón detrás de River, que se consagraría campeón en todos esos campeonatos dejando un historial de copas negativo para el xeneize en ese momento (Seis Campeonatos Femeninos ganados por River y tan solo uno de Boca). Después cinco largos años con tan solo subcampeonatos, Boca rompería esa mala racha en el año 1998 en donde se consagraría campeón por segunda vez en su historia, pero esta vez no terminaría ahí la historia, ya que desde ese año al 2002 Boca sería campeón durante cinco años consecutivos contabilizando seis Campeonatos Femeninos ganados en toda su historia, y empatando la marca que había logrado River anteriormente.
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