Comenzó a competir en el primer campeonato en 1986 y continuó en la categoría hasta 1989. Entre 1990 y 2000 estuvo retirado del certamen. Independiente es uno de los clubes fundacionales de la Primera División de futsal argentino y actualmente compite en la categoría. El equipo del Cholo Simeone vuelve a jugar ante su gente en la máxima competición continental a nivel de clubes, camiseta atletico de madrid 2023 después de no poder pasar del empate sin goles en el primer partido de este Grupo B ante el Oporto.
