A partir del Apertura 2003 comenzaría su mejor época, equipacion borussia dortmund Boca se consagraría como campeón de la Primera División durante diez campeonatos consecutivos (del Apertura 2003 al Clausura 2008) con un total de seis años consecutivos logrado ser campeón contabilizando en ese momento con 16 Campeonatos Femeninos. Volverían a ganar el campeonato en el Apertura 2009 pero este iba a tener un plus diferente ya que gracias a este nuevo título Boca por primera vez en su historia jugaría la segunda edición de la Copa Libertadores Femenina del año 2010, convirtiéndose en el segundo equipo argentino en disputarla, después de San Lorenzo de Almagro en el año 2009. Boca integraría el Grupo 2 de la copa junto al Everton de Chile, la U.A.A.
