A las siguientes temporadas el club empezó a vivir un declive de resultados que se empezaron a observar desde la temporada 2000-01 pues aquella temporada el club culminó en la posición 8, la peor desde su descenso. Para la temporada 2001/02, el club terminó séptimo en la tabla final por lo que el se quedó una vez más fuera de las competiciones europeas esta vez por gol diferencia. En la copa fueron eliminados por el Borussia Mönchengladbach en un histórico 5-1. Pero aquella temporada el club destaco en la Copa de la UEFA pues después de superar a rivales como: Bohemian, Iraklis de Tesalónica, Rangers, Slavia Praga y PSV Eindhoven fueron eliminados en una histórica semifinal contra el Deportivo Alavés en un aplastante 9-2 global.
